Shadow Empires memperkenalkan konsep baru dalam game - faksi. Di awal permainan, pemain memilih suku mereka dan juga faksi. Ada 5 faksi. Setiap faksi memulai permainan di posisi berbeda di peta:

Empire – di pusat	Dynasty – di tenggara
Rebels – di barat laut	Horde – di timur
Marauders – di utara

Pada awalnya, pemain baru dari faksi tertentu akan dimulai di wilayah yang sama. Setelah terisi, pemain baru akan mulai muncul di wilayah lain yang berdekatan, dan seterusnya. Ini tidak lagi bergantung pada lokasi atau jarak dari pusat peta.

Wilayah

Faksi tidak hanya menentukan posisi awal pemain, tetapi juga memperkenalkan level baru kerja sama antar pemain.

Wilayah sekarang ditaklukkan oleh faksi, bukan oleh aliansi individu. Baik faksi dan aliansi yang membantu menaklukkan wilayah mendapatkan poin kemenangan. Namun, hanya satu aliansi yang dapat mengakses kekuatan kuno wilayah tersebut. Lihat artikel tentang wilayah dan kekuatan kuno untuk lebih jelasnya.

Pemain dan aliansi dalam faksi

Pemain memilih faksi mereka di awal permainan dan tidak dapat mengubah pilihan ini.

Aliansi milik faksi pemain yang menciptakan aliansi itu. Itu juga tidak bisa diubah nanti.

Namun, pemain bebas untuk bergabung dengan aliansi apa pun yang mereka inginkan. Jadi meskipun Anda memulai permainan dengan bermain untuk Rebels, Anda bisa bergabung dengan aliansi milik Horde atau faksi lain.